Dzień dobry Panie Piotrze,
ad. 1. Podatek dochodowy po przekroczeniu drugiego progu podatkowego reguluje Pan standardowo na mikrorachunek podatkowy (identyfikator NIP).
Polecam:
https://poradnikprzedsiebiorcy.pl/-oplacanie-zaliczek-na-podatek-dochodowy
ad. 2. Tak, system automatycznie obliczy podatek dochodowy uwzględniając drugi próg podatkowy. Więc oblicza go Pan standardowo -
https://pomoc.wfirma.pl/-zaliczka-na-podatek-dochodowy
ad. 3. Nie, nie musi Pan w związku z przekroczeniem progu podatkowego dokonywać zmian w systemie.
Pozdrawiam Serdecznie!